车站楼层
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广州塔站共设有3层，地面为车站各出入口，周边为艺苑路、滨江东路、广州塔、广州国际媒体港及邻近建筑；地下一层为3号线中庭平台和APM线站厅；地下二层为3号线站厅，APM线站台；地下三层为3号线站台。
负责控制APM线的赤岗塔控制中心设于本站APM线南面部分。
地下一层
APM线站厅
售票机、客服中心、警务室、卫生间、母婴室、安检设施[注 1]
换乘接口
非付费区来往 █3号线、█APM线
3号线中庭
商店、安检设施
地下二层
3 站台
█APM线 林和西方向（下站：海心沙）
岛式站台
4 站台
█APM线 终点站台
3号线站厅
售票机、客服中心、警务室
地下三层
2 站台
█3号线 机场北或天河客运站方向（下站：珠江新城）
岛式站台
1 站台
█3号线 海傍方向（下站：客村）
站厅及换乘
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广州塔站共设有2个站厅，APM线站厅位于地下一层、3号线站厅位于地下二层。由于配合路轨过江深度要求，3号线车站与动物园站一样，地下一层为出入口平台层。两个车站的地下一层均有中空设计，是为本站的特色。地下一层平台层与APM线站厅层的联络接口设于车站南北两侧。
两线之间通过在地下一层联通的站厅进行换乘。但由于APM线为独立计费，因此两线车站的付费区并没有合并，乘客换乘时需要先出闸，到达另一条线站厅再入闸进行换乘。
每个站厅与站台之间均设有多组扶手电梯、楼梯以及专用电梯可供乘客来往站厅以及月台，其中3号线的专用电梯虽然可从月台层直达至平台层，但由于3号线平台层为全部区域非付费区，因此使用轮椅及婴儿车的乘客如果需要使用专用电梯直接前往平台层，则需要向工作人员寻求协助。
另外，广州塔站设有2间全家便利店和面包糕饼店等商店，所有商店均位于3号线平台层南北两侧。此外本站也设有自动售卖机和自动售卡/充值机等设施。
本站的公共卫生间和母婴室均设于APM线站厅范围，其中公共卫生间设于站厅西南侧（付费区内），母婴室则设于站厅北侧（付费区外）。
3号线站厅
3号线站厅中庭
APM线站厅
月台
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2号站台
本站3号线和APM线均为岛式月台，位于艺苑路（近广州塔地面广场西侧）的地底。APM线月台位于地下二层，3号线月台位于地下三层。
另外，本站APM线南端设有一组交叉渡线，不仅可以供APM线所有上线运营列车使用该组渡线进行折返，同时也可以供APM线列车收车及退出运营服务时使用该组渡线进出赤岗塔停车场。
1号月台全景图 4号月台全景图
出入口
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广州塔站目前设有4个出入口供乘客进出，分别为3号线站厅站厅西侧边角位的A、B出入口，以及APM线站厅东侧边角位的两个无编号出入口。其中，APM线站厅的两个无编号的出入口可前往广州塔地面平台。
编号
设施
照片
出口指示
建议前往的目的地
3号线站厅
A
艺苑路
阅江西路、滨江西路、海心桥、广州塔
B
艺苑路
艺洲路、广州塔、赤岗塔、赤岗领馆区、广州市广播电视台、广州塔西公交车站
注： 设有盲道 | 设有无障碍通道 | 设有轮椅升降台 | 设有扶手电梯